System kontroli i certyfikacji w rolnictwie ekologicznym stanowią:
- minister właściwy do spraw rolnictwa, jako organ upoważniający jednostki certyfikujące do prowadzenia kontroli i wydawania certyfikatów,
- Inspekcja Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych sprawująca nadzór nad upoważnionymi jednostkami certyfikującymi rolnictwo ekologiczne,
- upoważnione jednostki certyfikujące akredytowane w zakresie rolnictwa ekologicznego, zgodnie z Normą PN-EN 45011 „Wymagania ogólne dotyczące działania jednostek prowadzących systemy certyfikacji wyrobów”.
Funkcjonowanie systemu kontroli i certyfikacji w rolnictwie ekologicznym jest podstawowym gwarantem dla konsumenta, że środki spożywcze znajdujące się na rynku wyprodukowane zostały zgodnie z obowiązującymi przepisami dotyczącymi rolnictwa ekologicznego i są wolne od zanieczyszczeń, takich jak: pozostałości środków ochrony roślin i hormonów, a podczas ich produkcji nie stosowano nawozów sztucznych i organizmów zmodyfikowanych genetycznie.
Na podstawie ustawy o rolnictwie ekologicznym Inspekcja Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych posiada następujące uprawnienia:
- upoważnia producentów do przywozu produktów rolnictwa ekologicznego z państw trzecich nie wymienionych we wspomnianym rozporządzeniu Komisji 1235/2008;
- dokonuje kontroli produktów rolnictwa ekologicznego pochodzących z krajów trzecich, w tym kontroli granicznej;
- gromadzi i przechowuje informacje o producentach;
- dokonuje sprawdzenia u producentów prawidłowości kontroli wykonanych przez upoważnione jednostki certyfikujące.
W ramach nadzoru nad upoważnionymi jednostkami certyfikującymi Główny Inspektor:
- przeprowadza analizy danych dostarczanych przez upoważnione jednostki certyfikujące;
- dokonuje kontroli upoważnionych jednostek certyfikujących w zakresie stosowania przez nie procedur kontrolnych,
- może żądać od upoważnionych jednostek certyfikujących wszelkich dodatkowych informacji i danych związanych z wykonywanym nadzorem.
W myśl przepisów ustawy z dnia 21 grudnia 2000 r. o jakości handlowej artykułów rolno - spożywczych (Dz. U. z 2005 r. Nr 187, poz. 1577, ze zm.) wprowadzane do obrotu artykuły rolno-spożywcze powinny spełniać wymagania w zakresie jakości handlowej określone w przepisach o jakości handlowej oraz deklarowane przez producenta lub wprowadzającego do obrotu.