Do zadań Biura należy wykonywanie zadań wynikających z przepisów o rolnictwie ekologicznym oraz przepisów o rejestracji i ochronie nazw i oznaczeń produktów rolnych i środków spożywczych oraz o produktach tradycyjnych, a w szczególności:
- prowadzenie audytów i inspekcji jednostek certyfikujących w rolnictwie ekologicznym,
- przeprowadzanie analiz danych i informacji dostarczanych przez jednostki certyfikujące,
- opracowywanie szczegółowych programów i wytycznych do czynności sprawdzających u producentów w rolnictwie ekologicznym, przeprowadzanych przez wojewódzkie inspektoraty JHARS,
- gromadzenie i przetwarzanie informacji dotyczących jednostek certyfikujących działających w obszarze rolnictwa ekologicznego,
- przygotowywanie projektów decyzji Głównego Inspektora nakazujących wykonanie odpowiednich działań naprawczych związanych z funkcjonowaniem jednostek certyfikujących w rolnictwie ekologicznym,
- gromadzenie, przechowywanie i przetwarzanie informacji o producentach
w rolnictwie ekologicznym,
- udostępnianie danych i informacji na temat produkcji ekologicznej i producentów ekologicznych,
- rozpatrywanie wniosków zainteresowanych podmiotów o upoważnienie do importu produktów rolnictwa ekologicznego zgodnie z art. 19 rozporządzenia Komisji (WE)
nr 1235/2008 z dnia 8 grudnia 2008 r. ustanawiającego szczegółowe zasady wykonania rozporządzenia Rady (WE) nr 834/2007 w odniesieniu do ustaleń dotyczących przywozu produktów ekologicznych z krajów trzecich,
- rozpatrywanie wniosków o pozwolenie na zastosowanie przewidzianych prawem odstępstw od zasad produkcji ekologicznej,
- przygotowywanie egzaminów na inspektorów rolnictwa ekologicznego oraz prowadzenie rejestru tych inspektorów,
- kontrola upoważnionych jednostek certyfikujących w zakresie przeprowadzania kontroli, wydawania i cofania certyfikatów zgodności dla produktów posiadających chronioną nazwę pochodzenia, chronione oznaczenie geograficzne lub będących gwarantowanymi tradycyjnymi specjalnościami dokonywana w ramach sprawowanego nadzoru nad tymi jednostkami,
- opracowywanie szczegółowych programów kontroli i wytycznych do kontroli artykułów rolno-spożywczych posiadających zarejestrowane, na podstawie odrębnych przepisów, chronione nazwy pochodzenia, chronione oznaczenia geograficzne
lub będących gwarantowanymi tradycyjnymi specjalnościami przeprowadzanych przez wojewódzkie inspektoraty JHARS,
- koordynowanie kontroli zgodności procesu produkcji produktów rolnych i środków
spożywczych posiadających chronioną nazwę pochodzenia, chronione oznaczenie
geograficzne lub będących gwarantowanymi tradycyjnymi specjalnościami
ze specyfikacją, przeprowadzanych przez wojewódzkie inspektoraty JHARS,
- prowadzenie baz danych na potrzeby Biura,
- przekazywanie do Głównego Urzędu Statystycznego informacji o producentach oraz rodzajach produkcji w rolnictwie ekologicznym,
- zgłaszanie do Biura Kontroli Jakości Handlowej propozycji tematów kontroli
do rocznego ramowego planu kontroli Inspekcji oraz przekazywanie planów kwartalnych w zakresie kompetencji Biura,
- współpraca z komórkami organizacyjnymi Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi, biurami Głównego Inspektoratu, wojewódzkimi inspektoratami JHARS, agencjami płatniczymi oraz jednostkami i instytucjami realizującymi politykę rolną państwa
w zakresie wynikającym z zadań Biura,
- opracowywanie projektów decyzji oraz postanowień Głównego Inspektora
w przypadku wniesienia przez stronę odwołania od decyzji w zakresie działalności Biura,
- udział w realizacji programów pomocowych w zakresie objętym działaniem Biura,
- opiniowanie projektów aktów prawnych w zakresie kompetencji Biura,
- planowanie i przygotowanie pod względem merytorycznym szkoleń organizowanych przez Główny Inspektorat w zakresie kompetencji Biura,
- realizacja zadań zgodnie z zasadami wdrożonego Systemu Zarządzania Jakością, opracowywanie dokumentacji oraz podejmowanie działań zmierzających do jego doskonalenia,
- opracowywanie i realizacja rocznego planu wydatków budżetowych Biura,
- wykonywania innych zadań zleconych przez kierownictwo Głównego Inspektoratu.