Do zadań Biura należy realizacja zadań dotyczących nadzorowania i koordynowania kontroli prawidłowości dokonanych transakcji finansowanych z Europejskiego Funduszu Rolniczego Gwarancji, realizowanych w ramach Wspólnej Polityki Rolnej oraz Wspólnej Polityki Rybackiej, z wyłączeniem refundacji eksportowych oraz działań objętych Programem Rozwoju Obszarów Wiejskich, a w szczególności:
- nadzorowanie i koordynowanie kontroli ex-post przeprowadzanych przez wojewódzkie inspektoraty JHARS,
- opracowywanie instrukcji, procedur i innych dokumentów regulujących zasady, tryb przeprowadzania i dokumentowania kontroli przez wojewódzkie inspektoraty JHARS,
- opracowywanie harmonogramów programów kontroli,
- sprawdzanie dokumentów z kontroli, archiwizacja kserokopii dokumentów
i terminowe przekazywanie oryginałów dokumentów z kontroli do Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi,
- przygotowywanie okresowych raportów i sprawozdań,
- prowadzenie rejestru kontroli ex-post,
- nadzorowanie i koordynowanie kontroli wykonywanych w ramach pomocy wzajemnej na wniosek właściwych instytucji Państw członkowskich UE,
- koordynowanie działań kontrolnych wykonywanych we współpracy z innymi jednostkami kontrolnymi,
- koordynowanie działań związanych z udziałem Inspekcji w audytach krajowych
i z Unii Europejskiej w zakresie wynikającym z kompetencji Biura,
- współpraca z właściwymi komórkami organizacyjnymi Ministerstwa Rolnictwa
i Rozwoju Wsi, Ministerstwa Finansów, agencji płatniczych, wojewódzkich inspektoratów JHARS, biurami Głównego Inspektoratu oraz innymi jednostkami kontrolnymi w zakresie wynikającym z kompetencji Biura,
- udział w pracach międzyresortowych grup roboczych dotyczących systemu kontroli
ex-post i zwalczania nieprawidłowości finansowych,
- zgłaszanie do Biura Kontroli Jakości Handlowej propozycji tematów kontroli
do rocznego ramowego planu kontroli Inspekcji,
- opiniowanie projektów aktów prawnych w zakresie kompetencji Biura,
- planowanie i przygotowanie pod względem merytorycznym szkoleń organizowanych przez Główny Inspektorat w zakresie kompetencji Biura,
- realizacja zadań zgodnie z zasadami wdrożonego Systemu Zarządzania Jakością, opracowywanie dokumentacji oraz podejmowanie działań zmierzających do jego doskonalenia,
- opracowywanie i realizacja rocznego planu wydatków budżetowych Biura,
- wykonywanie innych zadań zleconych przez kierownictwo Głównego Inspektoratu.